O princípio de funcionamento dos biodigestores se baseia no processo de decomposição biológica.

Cria-se um ambiente artificial favorável ao desenvolvimento de bactérias anaeróbias, que aceleram o processo de decomposição dos resíduos e produzem gases com alto poder calorífico, destinados ao aproveitamento energético.

Existem vários modelos de biodigestores que se adequam aos diferentes tipos de resíduos obtidos no meio rural, tais como casca de arroz de dejetos animais.